Специализация «ботаника» существует с 1977 года. Кафедра ботаники выделилась в 1993 году. На кафедре трудятся 4 доктора наук, профессора, 5 кандидатов наук, доцентов и 3 кандидата наук, преподавателя.
Много внимания уделяется на кафедре изучению антропогенных изменений в растительном покрове Алтайского края. Распространение и биология редких видов растений, состояние растительного покрова заповедников, заказников и памятников природы также входят в сферу интересов ботаников университета. Происхождение и эволюция отдельных систематических групп растений изучается ботаниками кафедры и ботанического сада с использованием современных методов генетики.
Ежегодно в Алтайском госуниверситете проводится международная научная конференция «Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии», которая привлекает многих ученых из-за рубежа.
Студенты, специализирующиеся на кафедре совместно с преподавателями и сотрудниками кафедры, принимают деятельное участие в экспедициях, где собирают материал для пополнения живых коллекций ботанического сада и гербария. В процессе обучения студенты слушают специальные курсы по ботанической географии, экологии растений, растительным ресурсам, местной флоре, геоботанике. Все читаемые курсы сопровождаются использованием современных мультимедийных технологий, гербария, фотографиями.
Преподаватели кафедры часто выезжают в зарубежные научные и учебные учреждения на стажировки и по грантам для работы по своей научной тематики.
При кафедре есть аспирантура и докторантура. Наиболее успешно обучающиеся студенты имеют возможность обучаться в магистратуре и аспирантуре. Защиты диссертаций проходят на заседаниях диссертационного совета по специальности «ботаника».
Кафедра тесно сотрудничает с Южно-Сибирским ботаническим садом, который, по сути, является научным полигоном для выполнения дипломных и диссертационных работ.
Выпускники кафедры работают в комитетах природных ресурсов в районах края, государственной инспекции по карантину растений, институте садоводства Сибири. Некоторые выпускники поступают в аспирантуру Центрального Сибирского ботанического сада, г. Новосибирск. После успешной защиты диссертации остаются там работать.
Выпускниками кафедры являются профессора, работающие в АлтГУ: директор Южно-Сибирского ботанического сада А.И. Шмаков, заведующая кафедрой экологии, биохимии и биотехнологии Г.Г. Соколова, заведующая кафедрой ботаники М.М. Силантьева.
В городской администрации работают В. Паршков, С. Байбаков.
В Управлении федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Алтайскому краю и республике Алтай работают А. Самсонов и к.б.н. И. Мишина.
В мае 1973 г. Министерством высшего и среднего образования СССР был издан приказ об организации Алтайского государственного университета, и, как когда-то, почти 90 лет назад, при строительстве первого сибирского университета в Томске, сюда едут по приглашению ведущие специалисты из разных университетов, способные возглавить открывающиеся кафедры. Ботаника в Алтайском госуниверситете впервые начала преподаваться в 1974 г., тогда на факультете естественных наук. Среди первых преподавателей-биологов была Т.А.Терехина, получившая образование в Казанском университете. Как когда-то П.Н.Крылов вез с собой в далекий Томск из Казани гербарные коллекции, книги и другие наглядные материалы, так и Татьяна Александровна из той же Казани с аналогичным багажом прибывает на Алтай, чтобы возглавить подготовку не только биологов, но и ботаников-исследователей, которым предстоит изучать флору и растительность нашего края.
Первая полевая практика биологов была проведена на базе озера Красилово в 1976 г. Начиная с этого года ботаники АлтГУ планомерно осуществляют работу по изучению флоры и растительности Алтайского края, совершая ежегодные экспедиционные поездки в разные районы. В 1979 г. с отличием оканчивает университет Г.Г. Соколова и начинает свою преподавательскую деятельность на кафедре ботаники, а в 1987 г. она защищает кандидатскую диссертацию по теме «Изменение естественной растительности бассейна реки Алей в условиях орошения».
Для проведения полноценных занятий по систематике, изучения биологии растений, а также исследовательских работ по ряду других направлений возникла необходимость создания своего университетского ботанического сада. Эта идея принадлежит известному потомственному сибирскому ботанику Ирине Викторовне Верещагиной. Благодаря ее настойчивости и усилиям ботаников университета в 1979 г. был открыт ботанический сад. Долгое время И.В. Верещагина являлась куратором, под ее руководством была создана уникальная коллекция открытого грунта из алтайских растений, собранных в экспедиционных поездках по разным районам края. Постепенно в работу сада включаются выпускники биологического факультета. Так, с 1986 г. деятельность сада возглавляет А.И. Шмаков.
Следует отметить, что коллектив этого ботанического подразделения почти целиком состоит из выпускников нашей кафедры. Отделом травянистых растений руководил П.В. Голяков, в настоящее время он является директором ГПЗ «Тигирекский». С 1995 г ежегодно издаются труды ботанического сада «Флора и растительность Алтая» (ответственный редактор А.И. Шмаков).
За долголетний период ботанических исследований в стенах университета накапливается достаточный коллекционный гербарный материал, и в 1983 г. приказом по университету создается Гербарий Алтайского государственного университета. К моменту его образования коллекция растений достигла 5 тысяч гербарных листов с равнинной и горной частей Алтайского края. Большой вклад в формирование первоначальной коллекции гербария внесли Е.П. Прокофьев, В.П. Кутафьев, Т.А. Терехина, Г.Г. Соколова, А.И. Шмаков, а также студенты-практиканты. Работу по систематизации и оформлению коллекции провела Н.В. Ревякина. Под ее руководством было совершено несколько экспедиций по степной Кулунде, в высокогорья Алтая. В дальнейшем этот материал, дополненный собственными сборами и наблюдениями, послужил базой для выполнения диссертационной работы «Антропогенные трансформации кормовых угодий Центральной Кулунды, проблемы их восстановления» выпускницей факультета, в настоящее время доцентом кафедры Н.В. Елесовой.
Невозможно переоценить вклад члена-корреспондента РАН, профессора Р.В. Камелина, который на протяжении ряда лет занимается изучением флоры и растительности Алтая, осуществляя научное руководство исследованиями, проводимыми сотрудниками ботанического сада. В 1998 г. вышла его монография «Материалы по истории флоры Азии (Алтайская горная страна)». Под руководством Р.В. Камелина с 1998 г. начата работа по изданию «Turczaninovia» – новые азиатские таксоны, выходящей с периодичностью 4 выпуска в год.
С появлением в 1994 г. на кафедре ботаники профессора А.Н. Куприянова были связаны большие перемены в работе Гербария. С 1995 г. под редакцией А.Н. Куприянова издается ежегодный сборник трудов Гербария «Ботанические исследования Сибири и Казахстана». Андрей Николаевич являлся куратором Красной книги Алтайского края (издана в 1998 г.) – коллективного труда большой группы алтайских ботаников и зоологов.